Dado que é necessário seleccionar vários ficheiros, o programa tem uma janela de abertura especial:

A janela de abertura permite editar os nomes dos ficheiros à mão, seleccionando um ficheiro através do navegador dos ficheiros ("Ficheiro...") ou permite escolher os ficheiros recentes a partir das listas respectivas. Se abrir a janela de novo, então os nomes actuais irão nela permanecer. O terceiro ficheiro de entrada não é obrigatório. Se o item do "C" continuar em branco, então só será efectuada uma análise de diferenças com dois ficheiros.

Poderá também seleccionar uma pasta com o "Dir...". Se for indicado como A uma pasta, então será iniciada uma comparação/junção de pastas. Se o A se referir a um ficheiro, mas o B, o C ou o destino corresponderem a pastas, então o KDiff3 usa o nome do ficheiro em A nas pastas indicadas.

Se a "Junção" estiver seleccionada, então o campo "Resultado" fica editável. Mas não é obrigatório indicar o nome do ficheiro do resultado imediatamente. Você poderá também adiar isto até à gravação.

O botão "Configurar..." abre a janela de opções, para que possa definir as opções antes de executar a análise.