No cimo de cada janela de texto existe a sua "linha de informação". As linhas de informação das janelas de introdução de diferenças contêm uma letra "A", "B" ou "C", o nome do ficheiro e o número da primeira linha visível da janela. (Lembre-se que a janela "C" é opcional). Cada linha de informação aparece com uma cor diferente. (Se as localizações forem demasiado extensas para caberem, poderá mover o cursor do rato para cima da linha de informação, de modo a que apareça uma dica com o nome completo).

Quando tiver seleccionado outro ficheiro através de navegação ou acabar de editar o nome do ficheiro aqui, carregando para tal em Enter, o novo ficheiro será carregado e comparado com os ficheiros já carregados previamente.

As três janelas de entrada têm atribuídas as letras "A", "B" e "C". O "A" tem uma cor azul, o "B" tem uma verde e o "C" magenta. (Estas são as cores por omissão, mas podem ser alteradas no menu de configuração).

Quando é detectada uma diferença, então a cor mostra qual o ficheiro de entrada que é diferente. Quando os outros ficheiros de entrada diferem todos, então a cor usada para exprimir isto é a vermelha por omissão ("Cor do conflito" na Configuração). Este esquema de cores é particularmente útil no caso de três ficheiros de entrada, os quais serão vistos na próxima secção (Juntar).

À esquerda de cada texto está a "coluna de resumo". Se ocorrerem diferenças numa linha, então a coluna do resumo mostra a cor respectiva. Para uma diferença por espaços em branco, o resumo fica axadrezado. Para as linguagens de programação em que os espaços em branco não são muito importantes, isto é útil para ver de um modo geral se existe algo de importante modificado. (No C/C++, os espaços em branco só são importantes dentro de cadeias de caracteres, comentários, pré-processador e em algumas outras situações esotéricas.

A linha vertical que separa a coluna do resumo e o texto é interrompida (tracejada), se o ficheiro de entrada não tiver aí nenhuma linha. Quando a mudança de linha estiver activa, então esta linha vertical aparece ponteada para as linhas repartidas.

Do lado direito, aparece uma coluna de "resumo" à esquerda da barra de posicionamento vertical. Ela mostra a coluna de resumo comprimida dos dados de "A". Todas as diferenças e conflitos ficam visíveis numa vista rápida. Quando só são usadas duas janelas de entrada, então todas as diferenças aparecem a vermelho, dado que cada diferença é também um conflito. Um rectângulo preto delimita a parte visível dos dados de entrada. Para as linhas de dados bastante compridas, quando o número de linhas de dados é maior do que a altura da coluna de resumo em pixels, então várias linhas de dados de entrada irão partilhar uma linha de resumo. Um conflito, neste caso, terá então uma prioridade elevada sobre as diferenças simples, que por sua vez têm prioridade sobre a ausência de alterações, como tal não se perde nenhuma diferença ou conflito neste caso. Se carregar nesta coluna de resumo, será mostrado o texto correspondente.

Em alguns casos, o algoritmo coloca as linhas erradas a seguir umas às outras. Ou se deseja comparar um pedaço de texto com outro que se encontra numa posição completamente diferente no outro ficheiro. Para esses casos, poderá indicar manualmente ao KDiff3 para alinhar certas linhas. Marque o texto, com o qual deseja melhorar o alinhamento, com o rato como faria na cópia e colagem na primeira janela de diferenças e escolhe então o "Adicionar o Alinhamento Manual das Diferenças" na janela de "Diferenças" (atalho de teclado "Ctrl-Y") . Irá aparecer uma barra laranja na coluna do resumo, a seguir ao texto escolhido. Repita isto para a segunda e (se disponível) a terceira janela de diferenças. O KDiff3 irá calcular imediatamente de novo as diferenças sempre que fizer isto, alinhando as linhas escolhidas. Obviamente, algumas das linhas anteriormente correspondentes poderão não corresponder mais de novo.

De momento, a junção não suporta a utilização da ajuda de diferenças manual.

Em alguns casos, o KDiff3 irá ver secções de diferenças a mais ou a menos para a junção. Nesse caso, poderá juntar ou dividir as secções existentes.

Adicione secções novas, seleccionando primeiro o texto nas linhas que pertencem em conjunto a qualquer uma das janelas de entrada (como acontece na cópia para a área de transferência). Depois, seleccione a opção "Dividir a Diferença na Selecção", do menu "Juntar". Serão adicionadas divisões antes da primeira linha e depois da última linha do texto seleccionado. Se só quiser adicionar uma secção, então seleccione o texto que começa noutra divisão de secção.

Para juntar as secções, seleccione algo nas linhas das secções a juntar, em qualquer uma das janelas de entrada. (Poderá também juntar diversas secções de uma vez). Depois, escolha "Juntar as diferenças seleccionadas" do menu "Juntar".