O utilizador tanto poderá reunir o item seleccionado de momento (ficheiro ou pasta) ou todos os itens. Quando tiver feito todas as suas opções de operação (em todas as subpastas também), aí então poderá iniciar a junção.

Tenha em atenção que, se não tiver indicado explicitamente uma pasta de destino, então o destino será o "C" no modo de três pastas, o "B" no modo de junção de duas pastas e no modo de sincronização será o "A" e/ou o "B".

Se tiver indicado uma pasta de destino, verifique também que todos os itens que deverão estar no resultado, estão na árvore respectiva. Existem algumas opções que fazem com que certos itens sejam omitidos na comparação e junção de pastas. Assinale estas opções para evitar surpresas desagradáveis:

Se mudar a configuração, para mostrar mais ficheiros, é preciso fazer uma nova pesquisa, com a opção "Directoria"->"Pesquisar de Novo". (A razão para tal é que o KDiff3 omite a comparação dos ficheiros suprimidos por estes critérios.) Se mudou os seus padrões de ficheiros e pastas para excluir os ficheiros, então a lista de ficheiros será imediatamente actualizada, ao fechar a janela de opções.

Lembre-se que, quando gravar numa pasta completamente nova, normalmente também irá querer copiar os ficheiros iguais. Nesse caso, active a opção "Mostrar os Ficheiros Iguais". Se a sua pasta de destino é uma das entradas, então não será necessário, porque o ficheiro já estará lá.

Se estiver satisfeito até agora, o resto é simples.

Para juntar todos os itens: Seleccione "Iniciar/Continuar a junção da directoria" no menu "Directoria" ou carregue em F7 (que é o atalho). Para juntar apenas o item actual: Seleccione "Executar a Operação no Item Actual" ou carregue em F6.

Se, devido à existência de tipos de ficheiro em conflito, ainda permanecerem alguns itens com operações inválidas, então irá aparecer uma mensagem onde serão evidenciados esses itens, para que possa seleccionar uma operação válida para cada item.

Se juntar todos os itens, irá aparecer uma janela que lhe apresenta as opções "Fazê-lo", "Simulá-lo" e "Cancelar".

Nesse caso, o KDiff3 irá executar a operação indicada para todos os itens. Se for necessária alguma intervenção manual (na junção de ficheiros simples), então irá aparecer uma janela de junção (ver a imagem grande).

Quando tiver terminado um ficheiro, seleccione de novo "Iniciar/Continuar a junção da directoria" ou a tecla F7. Se não tiver ainda gravado nada, irá aparecer uma janela a pedir-lhe isso. Aí, o KDiff3 irá passar ao próximo item.

Quando o KDiff3 encontrar um erro, indicar-lhe-á tal facto e irá mostrar a informação descritiva do estado. No fundo desta lista, existirão algumas mensagens de erro que o deverão ajudar a compreender a causa do problema. Quando continuar a junção (com a tecla F7), o KDiff3 indicar-lhe-á a opção para repetir ou saltar o item que causou o problema. Isto significa que, antes de continuar, poderá escolher outra operação ou resolver o problema por outros meios.

Quando a junção estiver completa, o KDiff3 informá-lo-á então com uma mensagem.

Se alguns dos itens foram reunidos individualmente, então o KDiff3 irá recordar isto (enquanto esta sessão de junção prosseguir) e não os juntará de novo, até que a junção para todos os itens tenha sido executada. Mesmo quando a junção tenha sido ignorada ou não tenha sido gravado nada, estes itens irão contar como completos. Só quando tiver alterado a operação de junção é que o estado de "Pronto" do item será removido e este poderá ser reunido de novo.