Seadistamise manu pääseb KGpg apletilt (klõps hiire nupuga apletil) või põhimenüüst ( → ). Seal saab määrata vaikeväärtused krüptimisele, lahtikrüptimisele, kasutajaliidesele ja apletile. Enamik krüptimisvalikuid on otseselt seotud gpg-ga ning nende parima seletuse leiab gpg man-leheküljelt.

Siin saab seadistada spetsiaalseid GnuPG-le edastatavaid valikuid, mis muudavad krüptimise käiku. Täpsemalt kõneleb neist GnuPG manuaal.
ASCII pakendis krüptimine: krüptitud failid salvestatakse vormingus, is kasutab ainult ASCII sümboleid ning lühikesi ridu. Sel moel salvestatud failid on suuremad kui binaarfailid, aga neil näiteks e-postiga lihtsam saata.
Krüptimise lubamine mitteusaldusväärsete võtmetega: see lubab krüptida faile võtmetega, mida sa pole märkinud usaldusväärseks.
PGP 6 ühilduvus: krüptitud failid ühilduvad vanema PGP6 standardiga. See tühistab teatud omadused, mistõttu seda tasuks kasutada ainult siis, kui seda on tõepoolest vaja.
Kasutaja ID peitmine: kõrvaldab krüptitud failist kõik viited saajale. Kui keegi peaks ülekande hõivama, ei saa ta vähemalt teada, kes on faili saaja. Kui saaja kasutab mitut võtit, peab ta proovima, millist sellise ülekande puhul kasutati.
Alati krüptitakse kasutades: kõik krüptimised krüptitakse lisaks määratud võtmega. Kui määrad siin mõne oma privaatvõtmetest, tuleks kontrollida, et saad lugeda kõiki andmeid, mida oled krüptinud.
Failid krüptitakse kasutades: käitub samamoodi nagu Alati krüptitakse kasutades failide krüptimise puhul.
Kohandatud krüptimise käsk: kui sul on tarvis määrata GnuPG-le mingeid tavapärasest erinevaid võtmeid, siis saab vastava käsu anda siin. Enamasti ei ole seda vaja.
Krüptitud failidel kasutatakse laiendit .pgp: selle märkimisel nimetatakse krüptitud failid sisendfailiks laiendiga
.pgp, vastasel juhul kasutatakse laiendit.gpg.
Siin saab määrata kohandatud lahtikrüptimise käsu. Seda läheb harva tarvis ning see on mõeldud eelkõige kogenud kasutajatele, kes tunnevad hästi GnuPG käsurea võtmeid.
Siin saab seadistada KGpg välimust. Määrata saab värve, mis tähistavad võtme erinevat usaldusväärsust võtmehalduris, ning redaktoris kasutatavaid fonte.
Siin saab määrata, millist gpg binaarfaili ning seadistusfaili ja kodukataloogi kasutatakse. Need väärtused tuvastatakse automaatselt esmakäivitamise ajal ning peaksid üldjuhul sobima.
GnuPG agendi kasutamine muudab GnuPG-ga töötamise hõlpsamaks, sest siis pole vaja iga toimingu jaoks anda uuesti parooli. See salvestatakse mõneks ajaks mällu ning kõik parooli nõudvad toimingud sooritatakse aega viitmata. Pane siiski tähele, et see võib võimaldada teistel kasutada sinu privaatvõtmeid, kui neil avaneb ligipääs sinu seansile.
Siin saab paika panna võtmeserverite nikekirja, mida näidatakse, kui avad võtmeserveri dialoogi. Kui käivitad GnuPG käsurealt, kasutatakse ainult siin vaikimisi serveriks määratud võtmeserverit.
Võtmeserveritega suhtlemiseks kasutatakse HTTP põhist protokolli, mistõttu mõnes keskkonnas tasuks märkida valik HTTP puhverserveri kasutamine, kui võimalik.
Siin saab määrata mõningaid asju, mis ei sobi mujale. Näiteks saab sisse lülitada valiku KGpg käivitatakse automaatselt sisselogimisel. Valik Lõikepuhver kasutab hiirega valimist muudab seda, kas valik toimub hiirega ja asetamine hiire keskmise nupuga või sooritatakse kõik toimingud kiirklahvide abil.
Samuti saab muuta seda, kas KGpg ikooni näidatakse süsteemses salves või mitte ning mis juhtub siis, kui ikoonil klõpsata hiire nupuga. Kui süsteemses salves näidatakse ikooni, võrdub KGpg akna sulgemine selle minimeerimisega süsteemsesse salve. Kui ikooni ei näidata, lõpetatakse KGpg töö kõigi akende sulgemisel.