As pastas são tratadas fundamentalmente de forma diferente dos arquivos normais pelo CVS. Elas não estão sob o controle de versões, isto é você não pode dizer que pastas existiam no projeto numa determinada altura. Além disso, as pastas nunca podem ser removidas explicitamente (exceto se removê-las diretamente do repositório).

Como um substituto o CVS segue a convenção que uma pasta é "não existente" em uma versão do projeto se ela está vazia. Esta convenção pode ser forçada usando a opção -P para o cvs update e cvs checkout. Esta opção pode ser configurada no menu Configurações → Excluir Pastas Vazias Ao Atualizar.

A pasta pode ser adicionada ao repositório selecionando Arquivo → Adicionar ao Repositório... ou clique direito na pasta marcada e selecionando Adicionar ao Repositório... no menu de contexto. Observe que ao contrário da adição de arquivos, adicionar pastas não necessita de um envio posterior. O Cervisia envia o comando

cvs add nomedapasta