Mappen worden totaal anders door CVS afgehandeld dan normale bestanden.Ze vallen namelijk niet onder de revisie-controle, wat bijvoorbeeld wil zeggen dat men niet kan nagaan welke mappen ooit hebben bestaan binnen een project op een bepaald moment. Daarnaast kunnen mappen niet expliciet verwijderd worden (tenzij men ze direct in de repository weggooit).

In plaats daarvan heeft CVS de stelregel dat een map "niet bestaat", wanneer de map leeg is. Deze regel kan afgedwongen worden door de parameter -P toe te voegen aan het commando cvs update and cvs checkout. Deze parameter kan ingesteld worden in het menu Instellingen → Lege mappen verwijderen bij bijwerken.

Een map kan aan de repository worden toegevoegd met het menu-item Bestand → Aan repository toevoegen of door rechts te klikken op de gemarkeerde map en uit het contextmenu Aan repository toevoegen.... Merk op dat in tegenstelling tot het toevoegen van bestanden, men na afloop niets hoeft vast te leggen (commit). Cervisia geeft het commando

cvs add mapnaam