Como se pueden seleccionar varios archivos de entrada, el programa tiene un diálogo de apertura especial:

El diálogo abrir le permite editar los nombres de los archivos manualmente, seleccionando un archivo a través del navegador de archivos («Archivo...») o permitir la elección de los archivos recientes a través de las listas desplegables. Si abre el diálogo nuevamente, el nombre actual continúa ahí. El tercer archivo de entrada no es necesario. si la entrada para «C» permanece vacía, solo se efectuará el análisis de diferencia de dos archivos.

Puede seleccionar un directorio a través de «Dir...». Si se especifica un directorio para A entonces comienza la comparación/fusión de directorios. Si en A especifica un archivo y en B, C o en la salida se especifica un directorio, KDiff3 usa el nombre del archivo de A en los directorios especificados.

Si está seleccionado «Fusionar», la línea de «Salida» será editable. Pero no se necesita especificar el nombre de archivo de salida de forma inmediata. Puede posponerlo hasta que lo guarde.

El botón «Configurar...» abre el diálogo de opciones, de forma que pueda seleccionar las opciones antes de realizar el análisis.