Aangezien veel bestanden geselecteerd moeten kunnen worden, heeft het programma een speciaal dialoogvenster hiervoor:

In dit dialoogvenster kunt u de bestandsnamen met de hand wijzigen, een bestand via het bladerprogramma kiezen via knop Bestand...) of recente bestanden via de afrolmenu's kiezen. Als u het dialoogvenster opnieuw opent, blijven de huidige bestandsnamen staan. Het derde invoerbestand is niet verplicht. Als het item bij C leeg blijft, wordt slechts een verschillenanalyse op twee bestanden uitgevoerd.

U kunt ook een map kiezen met Map.... Als voor A een map opgegeven is wordt een vergelijking/samenvoeging op mappen gestart. Als A een bestand opgeeft maar B, C of de uitvoer een map opgeeft, gebruikt KDiff3 de bestandsnaam van A in de opgegeven mappen.

Als Samenvoegen geselecteerd is, kunt u de regel Uitvoer bewerken. Maar het is niet nodig om direct de uitvoerbestandsnaam op te geven. U kunt hiermee ook wachten tot bij het opslaan.

De knop Configureren... opent de instellingendialoog, waarmee u de opties kunt instellen voordat de analyse gestart wordt.