Bovenaan elk tekstvenster staat de "inforegel". De inforegels van de invoervensters bevatten een letter A, B of C, de te bewerken bestandsnaam, een knop voor bladeren en het regelnummer van de eerste zichtbare regel in het venster. (Merk op dat venster C optioneel is). Elke inforegel verschijnt in een aparte kleur.

Als u een ander bestand heeft geselecteerd door zoeken of door na het invoeren van de bestandsnaam op de toets Enter te drukken, dan zal het nieuwe bestand geladen worden en vergeleken met de al eerder geladen bestanden.

De drie invoervensters krijgen de letters A, B en C. A heeft de kleur blauw, B is groen en C is magenta. (Dit zijn de standaard kleuren, u kunt ze wijzigen via het item Kleur de instellingendialoog.)

Als er een verschil opgemerkt wordt, toont de kleur welk invoerbestand er verschilt. Als beide andere invoerbestanden verschillen is de kleur die dit aangeeft standaard rood (Conflictkleur in optie in item Kleur in de instellingendialoog). Dit kleurenschema is vooral handig in het geval van drie invoerbestanden, hetgeen u zult zien in de volgende sectie (Samenvoegen).

Links van elke tekst staat een "samenvattingskolom". Als er verschillen op een regel opgetreden zijn geeft deze kolom de respectievelijke kleur aan. Voor een verschil alleen in witruimte is de samenvatting geblokt. Voor programmeertalen waar witruimte niet zo belangrijk is, is dit nuttig om te zien of er iets belangrijks veranderd is. (In C/C++ is witruimte alleen interessant binnen tekenreeksen, commentaar, voor de preprocessor en sommige zeer uitzonderlijke situaties.)

De verticale lijn die de overzichtskolom en de tekst scheidt wordt onderbroken als het invoerbestand daar geen regels heeft. Als regelafbreking ingeschakeld is, wordt deze lijn gestippeld voor afgebroken regels.

Aan de rechterkant is een "overzichts"-kolom zichtbaar, links van de verticale schuifbalk. Deze toont gecomprimeerd de samenvattingskolom van invoer A. Alle verschillen en conflicten zijn in één oogopslag zichtbaar. Als er slechts twee invoervensters gebruikt worden, verschijnen alle verschillen in rood omdat elk verschil dan een conflict is. Een zwarte rechthoek omrandt het zichtbare deel van de invoer. Voor zeer lange invoerbestanden, waarbij het aantal regels groter is dan de hoogte van de overzichtskolom in pixels, delen diverse invoerregels één overzichtsregel. Een conflict heeft dan topprioriteit boven eenvoudige verschillen, die prioriteit hebben boven geen wijziging, zodat geen verschil of conflict verloren gaat. Door in deze overzichtskolom te klikken wordt de bijbehorende tekst getoond.

Soms plaatst het algoritme de verkeerde regels naast elkaar. Of u wilt een stuk tekst vergelijken met een ander stuk tekst op een compleet andere locatie in het andere bestand. Voor dit soort situaties kunt u handmatig KDiff3 bepaalde regels naast elkaar laten uitlijnen. Markeer met de muis de tekst die u wilt uitlijnen alsof u het wilt kopiëren en kies vervolgens Verschilweergave → Handmatige uitlijning van vergelijking toevoegen (sneltoets Ctrl+Y). Er zal een oranje balk in de samenvattingskolom naast de gekozen tekst verschijnen. Herhaal dit voor de tweede en (indien aanwezig) derde venster met verschillen. KDiff3 zal iedere keer onmiddellijk de verschillen herberekenen en de aangewezen regels uitlijnen. Natuurlijk zullen sommige regels die voorheen wel uitgelijnd waren en nu niet meer uitgelijnd zijn.

Op dit moment ondersteunt samenvoegen het handmatig uitlijnen niet.

In sommige gevallen heeft KDiff3 te veel of te weinig secties om te kunnen samenvoegen. In dergelijke gevallen kunt u bestaande secties opsplitsen of juist samenvoegen.

Voeg nieuwe secties toe door tekst in de regels die bij elkaar horen te selecteren in beide invoervensters (op dezelfde manier als kopiëren naar het klembord). Kies vervolgens het menu-item Samenvoegen → Vergelijking bij selectie splitsen. Splitsingen worden boven de eerste regel en onder de laatste regel van de geselecteerde tekst geplaatst. Als u maar één sectie wilt toevoegen, dan moet u vanaf een andere sectie-splitsing de tekst selecteren.

Voor het samenvoegen van secties in beide invoervenster selecteert u iets in de regels uit de samen te voegen secties. (U kunt ook meerdere secties in één bewerking samenvoegen). Kies vervolgens menu-item Samenvoegen → Geselecteerde verschillen samenvoegen.