KAtomic załaduje pierwszy poziom jak tylko włączysz grę, w tej chwili już możesz rozpocząć grę. Aby zobaczyć jak wygląda cząsteczka którą musisz złożyć spójrz w prawy górny róg ekranu. Aby rozpocząć kliknij na atomie. Zobaczysz zielone strzałki wskazujące kierunki w którym atom może zostać przesunięty.Aby przesunąć atom należy kliknąć na wybraną strzałkę. Jeśli atom rozpocznie swój ruch nie zatrzyma się dopóki nie dotrze do ściany bądź innego atomu, dobrze zastanów się przed wykonaniem ruchu. Możesz złożyć swoją cząsteczkę w dowolnym miejscu planszy, jednak niektóre części planszy są łatwiej dostępne niż inne.