KDE jest instalowane we własnym drzewie plików. Jego lokalizację można poznać uruchamiając polecenie kde4-config --prefix. Ten katalog jest wskazywany przez zmienne środowiska $KDEDIRS i ewentualnie $KDEDIR.

Zmienna środowiska $KDEHOME wskazuje na katalog, gdzie KDE szuka ustawień specyficznych dla użytkownika. Jeśli ta zmienna nie jest ustawiona, używana jest domyślna wartość ~/.kde.