Chaque arborescence de dossiers qu'emploie KDE a une structure de dossier fixe. Il est néanmoins possible de laisser de côté les dossiers sans rapport avec un dossier donné ou qui ne sont simplement pas utilisés. Par exemple, les dossiers auxquels les fichiers temporaires font appel se trouvent habituellement sous $KDEHOME, mais non dans n'importe quelle autre arborescence de dossiers.