Ordner werden durch CVS grundsätzlich anders behandelt als normale Dateien. Sie unterliegen keiner Versionsverwaltung, d. h. Sie können nicht nachvollziehen, welche Ordner in einem Projekt zu einem bestimmten Zeitpunkt existiert haben. Darüberhinaus können Ordner nicht mehr aus dem CVS-Archiv entfernt werden. Die einzige Möglichkeit hierzu ist das direkte Entfernen im CVS-Archiv auf dem Server.

Aus diesem Grund folgt CVS der Konvention, einen Ordner als „nicht existent“ zu betrachten, wenn es keine Dateien enthält. Diese Konvention kann durch die Option -P für cvs update und cvs checkout erzwungen werden. In Cervisia erreichen Sie dies über Markieren von Einstellungen → Leere Ordner beim Aktualisieren entfernen.

Einen Ordner fügen Sie mit Datei → Zum CVS-Archiv hinzufügen ... zum Archiv hinzu, oder indem Sie mit der rechten Maustaste auf den markierten Ordner klicken und aus dem Kontextmenü Zum Archiv hinzufügen ... wählen. Beachten Sie, dass anders als beim Hinzufügen von Dateien kein darauffolgendes Einspielen des Ordners erforderlich ist. Cervisia setzt den folgenden Befehl ab:

cvs add Ordnername