De la mateixa manera que en afegir fitxers, l'eliminació dels fitxers es fa en dos passos. Primer, s'han de registrar els fitxers com a eliminats escollint Fitxer → Elimina del repositori... o bé fent clic dret als fitxers marcats i escollint Elimina del repositori... des del menú contextual. Apareixerà el diàleg Elimina del CVS llistant els fitxers que heu marcat i se us demanarà confirmació. Premeu D'acord i el Cervisia emetrà l'ordre

cvs remove -f noms_de_fitxer

Després d'això, s'haurà de cometre aquesta modificació a l'entorn de proves, possiblement amb altres modificacions al projecte.