Les carpetes són gestionades fonamentalment de forma diferent als fitxers normals pel CVS. No són sota el control de revisions, és a dir no podeu dir quines carpetes existien en el projecte en una data determinada. A més, les carpetes no es poden esborrar mai explícitament (a excepció d'eliminar-les directament en el repositori).

Com a alternativa, el CVS segueix la convenció que una carpeta «no existeix» en la versió del projecte si és buida. Aquesta convenció pot forçar-se utilitzant l'opció -P al cvs update i cvs checkout. Aquesta opció es pot establir en el menú Arranjament → Elimina les carpetes buides en actualitzar.

Es pot afegir una carpeta al repositori escollint Fitxer → Afegeix al repositori... o fent clic dret a les carpetes marcades i escollint Afegeix al repositori... des del menú contextual. Tingueu present que contràriament a afegir fitxers, afegir carpetes no requereix una comissió posterior. El Cervisia emetrà l'ordre

cvs add nom_del_directori